Η έρευνα στη Θηρασία είναι ένα διεπιστημονικό και διατμηματικό πρόγραμμα που διεξάγεται από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης (υπεύθυνη καθηγήτρια Ίρις Τζαχίλη), το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Προστασία, Συντήρηση και Αποκατάσταση Μνημείων Πολιτισμού του Τμήματος Αρχιτεκτόνων του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (υπεύθυνη καθηγήτρια Κλαίρη Παλυβού) και την ΚΑ’ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων του ΥΠΠΟΤ (υπεύθυνη Δρ. Μαρίζα Μαρθάρη).
