Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων υπάγεται στην Εφορεία Αρχαιοτήτων Χανίων. Στεγάζεται στο καθολικό της ενετικής μονής του Αγίου Φραγκίσκου. Ως Αρχαιολογικό Μουσείο άρχισε να λειτουργεί το 1963. Τα εκθέματά του δίνουν μία διαχρονική εικόνα της πολιτισμικής ιστορίας του Νομού Χανίων από τη νεολιθική εποχή έως και τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας. Η έκθεση χωρίζεται κατά πλάτος σε δύο μεγάλες ενότητες : Στο ανατολικό τμήμα εκτίθενται ευρήματα της ύστερης νεολιθικής εποχής και της χαλκοκρατίας (μινωικοί χρόνοι). Στο δυτικό τμήμα εκτίθενται αρχαιότητες της εποχής του σιδήρου (ιστορικοί χρόνοι). Τα ευρήματα παρουσιάζονται κατά ανασκαφικά σύνολα και κατά θεματικές ενότητες. Στις συλλογές περιλαμβάνονται μινωικά ευρήματα από την πόλη των Χανίων, προϊστορικά ευρήματα από σπήλαια, μινωικά ευρήματα από διάφορες περιοχές του νομού, ευρήματα από τάφους της γεωμετρικής περιόδου, ευρήματα των ιστορικών χρόνων από την πόλη των Χανίων και από διάφορες άλλες πόλεις του νομού, νομίσματα, κοσμήματα (προϊστορικών και ιστορικών χρόνων), γλυπτά, επιγραφές, στήλες, ψηφιδωτά.

Το έτος 2000 δωρήθηκε στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων η ενδιαφέρουσα συλλογή Κωνσταντίνου, Μαρίκας και Κυριάκου Μητσοτάκη. Καταλαμβάνει τρεις μικρές αίθουσες στα βόρεια και σε επαφή με το ναό του Αγίου Φραγκίσκου. Τα εκθέματα αποτελούν το 1/3 της Συλλογής και η παρουσίαση τους ακολουθεί χρονολογική σειρά (τέλος 4ης χιλιετίας π.Χ. – 3ο αι. μ.Χ.). Περιλαμβάνονται ευρήματα μινωικής κεραμικής, πηλοπλαστικής, λιθοτεχνίας, σφραγιδογλυφίας, κοσμήματα και varia (ποικίλα αντικείμενα από διάφορες περιοχές).

Το Μουσείο διαθέτει εργαστήρια συντήρησης κεραμικής, μεταλλικών αντικειμένων, νομισμάτων, τοιχογραφιών, ψηφιδωτών και χημικό εργαστήριο, ενώ για την εξυπηρέτηση των επισκεπτών υπάρχει εκθετήριο – πωλητήριο του Ταμείου Αρχαιολογικών Πόρων στο ειδικά διαμορφωμένο κωδωνοστάσιο δίπλα στην κύρια είσοδο. Σκοπός του Μουσείου είναι η προβολή της πολιτισμικής ιστορίας του τόπου κατά τον καλύτερο δυνατό τρόπο, έτσι ώστε να αποτελεί πόλο έλξης πολλών επισκεπτών. Στο πλαίσιο αυτό εντάσσεται και η διοργάνωση περιοδικών εκθέσεων, εκπαιδευτικών προγραμμάτων και διαφόρων εκδηλώσεων πολιτισμού στο χώρο του Μουσείου.