Το κτίριο του Μουσείου βρίσκεται στη καρδιά του ιστορικού κέντρου της Καλαμάτας, εκεί όπου παλιά βρισκόταν η Δημοτική Αγορά της πόλης, που κατακλυζόταν καθημερινά από το πολύβουο πλήθος των εμπόρων και των πελατών της. Μετά τον καταστροφικό σεισμό του 1986 το οικοδόμημα της Αγοράς κατεδαφίστηκε λόγω των σοβαρών ζημιών που είχε υποστεί. Το νέο οικοδόμημα που κατέλαβε τη θέση της παλαιάς Αγοράς, παραχωρήθηκε από το Δήμο Καλαμάτας στο Υπουργείο Πολιτισμού, προκειμένου να λειτουργήσει ως Αρχαιολογικό Μουσείο.