Η πανεπιστημιακή ανασκαφή στη θέση «Βρυόκαστρο» της Κύθνου (Κυκλάδες) άρχισε το 2002 και συνεχίζεται έως σήμερα. Είχε προηγηθεί συστηματική επιφανειακή έρευνα κατά τα έτη 1990-1995 και 2001. Η θέση ταυτίζεται με την αρχαία πόλη της «Κύθνου» της ομώνυμης νήσου των Κυκλάδων, η οποία κατοικήθηκε από τον 10o αι. π.Χ. έως και τον 6o-7o αι. μ.Χ.

Οι έως σήμερα πανεπιστημιακές ανασκαφές, οι οποίες πραγματοποιούνται σε συνεργασία με την ΚΑ’ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, έφεραν στο φως ένα ασύλητο ιερό των αρχαϊκών, κλασικών και ελληνιστικών χρόνων. Το ιερό ανασκάφτηκε από το 2002-2006. Ο δίδυμος ναός βρέθηκε άθικτος, με όλα τα πολύτιμα ως επί το πλείστον αφιερώματα στη θέση τους. Νότια του ναού ανασκάφτηκαν δύο βωμοί καθώς και ένας εκτεταμένος «αποθέτης» που περιείχε και αυτός εκατοντάδες πολύτιμα αφιερώματα.

Από το 2009 επαναλήφθηκαν οι ανασκαφικές έρευνες. Δυτικά του ιερού άρχισε να ανασκάπτεται ένα μνημειακό ανάλημμα και λίγο χαμηλότερα ένα δημόσιο κτίριο της κλασικής περιόδου.

Παράλληλα, από το 2005 έως και σήμερα πραγματοποιείται, με τη συνεργασία της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων, υποβρύχια έρευνα και ανασκαφή στον όρμο του Μανδρακίου, το αρχαίο δηλαδή λιμάνι του Βρυοκάστρου. Αποτυπώθηκαν ολόκληρη η λιμενολεκάνη και τα κτίσματα που εντοπίστηκαν τόσο στην ακτή όσο και στον πυθμένα της θάλασσας και το 2007 άρχισε η ανασκαφή ενός εξ αυτών, που πιθανώς ταυτίζεται με τμήμα του καταβυθισμένου παράκτιου οχυρωματικού τείχους. To 2008-09 η ανασκαφή έφερε στο φως στο βυθό σημαντικά μαρμάρινα γλυπτά της ρωμαϊκής περιόδου.

Η ανασκαφή πραγματοποιείται από τον Τομέα Αρχαιολογίας του Τμήματος Ιστορίας, Αρχαιολογίας και Κοινωνικής Ανθρωπολογίας (ΙΑΚΑ) του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, με τη συνεργασία της ΚΑ’ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. Επικεφαλής της ερευνητικής ομάδας του πανεπιστημίου είναι ο καθηγητής Αλέξανδρος Μαζαράκης Αινιάν. Την ΚΑ’ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων του ΥΠ.ΠΟ.Τ. εκπροσωπεί η αρχαιολόγος κ. Βασιλική Γιαννούλη, υπεύθυνη για τις αρχαιότητες της Κύθνου. Υπεύθυνος της υποβρύχιας ανασκαφής από την πλευρά της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων του ΥΠ.ΠΟ.Τ. είναι ο Δρ Δημήτρης Κουρκουμέλης.